清籁岛的解密核心在于系统性地探索环境与逻辑推理的结合。首先需要明确岛上存在三类主要解密机制：石碑点亮、镇石封印以及继电石机关。石碑解密需区分同照与异照两种类型，前者要求点亮与已知石碑完全相同的方块并点燃火把，后者则需要补全未点亮部分以形成完整图案。对于花纹地踏板解密，通常需按特定路径踩踏，例如七天神像附近的踏板需从右下角开始顺时针绕行至中心。这些基础规则是后续复杂解密的先决条件。
清籁丸沉船作为岛上难度较高的复合型解密场景，包含多阶段机关联动。船头部分需调整四个罗盘指针使其两两相对形成长方形，随后获取雷种子进入结界。船舱内需跟随仙灵完成翻牌配对解密，注意船尾继电石需通过相位之门传送获取，最终将三块继电石按三角形布局连接电路。过程中需同步收集三处雷神瞳，其中桅杆顶部神瞳需借助雷种子飞行获取。该解密链最终会解锁戴维·琼斯的箱子成就，体现空间逻辑与元素机制的结合。
镇石封印任务要求玩家通过旋转使纸垂数量与周围御币对应。天云峠区域的镇石需上层旋转2次、下层旋转2次即可完成相位校准，若操作失误导致混乱，可通过重置为初始状态重新开始。此解密与雷暴平息剧情直接关联，完成后可解锁BOSS雷音权现的挑战权限。部分镇石被雷屏障包围，需先解除附近的雷樱枝条才可接触。
隐藏任务清籁旧宝触发于越石村，击败丘丘人救下NPC后开启地下解密。首层机关需按Z字形路线激活踏板，第二层则需解读书碑提示，将三个黄色石板拼合为3×3矩阵。该任务最终奖励无可置疑的宝藏成就，过程中需应对盗宝团、流浪武士等三波敌人拦截。对于湖底解密区域，需先通过石碑拼图点亮空缺方块，待湖水退去后进入洞穴获取雷神瞳，此处仙灵引导路线存在视觉盲区需仔细追踪。
