蜘蛛人韦伯作为特殊角色，与蜘蛛巢的关系是玩家关注的重点。韦伯无法直接进入蜘蛛巢睡觉或生活，这是游戏的基础设定。蜘蛛巢作为蜘蛛的栖息地，对韦伯而言更多是资源获取和战略布局的场所。需要明确的是，韦伯与普通蜘蛛保持中立，但蜘蛛巢的内部空间并不对角色开放。
韦伯的核心能力在于操控蜘蛛而非进入巢穴。通过喂食肉类，韦伯可以雇佣普通蜘蛛和蜘蛛战士，形成战斗小队。这种操控机制使得韦伯能够有效利用蜘蛛群进行资源收集和战斗，而不需要进入巢穴内部。蜘蛛巢的等级变化会影响蜘蛛的产出数量和质量，三级巢穴可能产生蜘蛛女王，这是韦伯需要特别注意的威胁。
关于蜘蛛巢的建立与移植，玩家需要摧毁三级蜘蛛巢来获取一级蜘蛛巢的掉落物。这个过程不需要韦伯进入巢穴，而是通过外部攻击完成。韦伯可以使用蜘蛛丝升级现有巢穴，每5个蜘蛛丝可提升一级，这种操作同样在巢穴外部进行。移植蜘蛛巢时，要选择距离基地适中位置，避免日常活动受到干扰。
蜘蛛女王的出现是处理三级巢穴时的关键节点。当韦伯在三级巢附近活动时，巢穴可能转变为蜘蛛女王。击败女王后会掉落新的蜘蛛巢和女王帽，这些战利品对韦伯的发展至关重要。整个过程中，韦伯始终是在巢穴外部进行活动，游戏机制并未设计角色进入巢穴内部的任何方式。
