通关少年三国志零第三船队的关键在于合理搭配武将阵容与精准站位布局。对于低战力玩家而言，尤其需要注重武将技能等级与星级提升，同时借助好友助战的高战力武将来弥补自身不足。第三船队第五关作为标志性难点，通常需要总战力达到百万但通过优化布阵，部分玩家在92万战力时即可通关。核心思路是利用盾兵吸收伤害，弓手集中输出，并避免站位失误触发敌方特殊机制。
具体到第五关的实战操作，第一场推荐在5~8号位部署孟获、马云禄、马腾、甘宁，13~16号位放置张辽、刘备、借用的马超及黄月英。其中马超即使五星也能发挥作用，但高星紫装武将更稳定。第二场需特别注意13~16号位不可站人，否则兀突骨会直接攻击对线弓手，建议采用6弓手2盾兵的组合，借助甘宁等高爆发弓手快速清场。军师技能选择张宝的晕眩控制可有效干扰敌方后排。
第四关的战术则侧重快速突破与清理器械。第一场需优先配置典韦、孟获等盾兵抗伤，搭配黄舞蝶、孙尚香等弓手集中火力，同时借用马超快速摧毁敌方巨弩。第二场依赖张郃的破甲能力，配合刘备的复活机制形成持久战力。第三船队关卡设计强调对敌方召唤机制和迟缓效果的反制，例如通过马云禄、马腾激活西凉铁骑的移速加成来抵消负面状态。
